1977年10月出狱后，班禅成了北京市的普通公民。每天起来得很早，念过晨经，就出去跑步，从北京站一直跑到天安门广场。他贪婪地呼吸着空气，自由自在地同早起的北京人一块做操，见到任何人都可以亲切地问声好。跑步回来，吃过早点，就看书学习。学习累了，就到胡同里转转，有时自己去买菜、买日用品。他虽然过着普通人的自在生活，但他的年龄毕竟还不过38岁，精力充沛，浑身有使不完的劲。因此当他每天清晨见到长安街上的急急擦肩而过的人流时，他就觉得他们去上班，有工作，多么美好，便勾起他心里一股难以言状的冲动：十几年来，他失去了许多，但令人最痛心的是失去了为祖国效力的机会，失去了为人民服务的权力。当时，班禅仰望天安门城楼，凝视着毛主席的画像，回忆起了1951年“五一”节和1954年国庆节，曾经登上天安门，受到毛主席和其他国家领导人接见的情景。如今，毛主席已长眠在天安门广场上的纪念堂里，刘少奇含冤逝世，朱德和周总理也永远离开了我们，彭德怀、贺龙、陈毅……这些开国功勋，也永远地离去了。

　　党的十一届三中全会之后，中央陆续为他落实政策，安排工作。1979年7月2日，在政协五届二次会议上，班禅被增选为全国政协副主席。1980年，被当选为全国人大副委员长。不久，他就去藏区视察。临行前，邓小平对大师说：“你是我们国家最好的爱国者”，视察中“你自己的活动，可以放手，不要顾虑”。“你在这次下去的时候可以说，文化革命中那些事情都错了。你不要怕，就说这是中央领导同志讲的。”班禅受到很大鼓舞，决心把损失的时间夺回来。重新工作后的10年中，大师不辞劳苦，风尘仆仆七次去西藏，三次去青海，两次去四川藏区视察，万里高原到处留下了他的足迹。1987年10月8日，拉萨骚乱事件发生不久，正在西宁视察的班禅发表长篇讲话，谴责分裂活动，态度鲜明地维护祖国的统一完整。后来，班禅曾率代表团出访的澳大利亚、尼泊尔及南美数国，增进了各国人民、宗教界人士之间的友谊。

　　1988年5月，全国人大常委会决定，对班禅大师进行了平反。

　　班禅大师十分关心继承和发展具有悠久历史的藏族文化传统，非常重视发展教育事业，强调学习和使用藏语文的极端重要性和必要性。在大师的倡导和主持下，于北京创办了中国“藏语系”高级佛学院，他亲自担任院长，培养政治上热爱祖国，宗教上有较高造诣的佛学知识分子。

　　1989年1月9日，班禅离京去日喀则，参加五世至九世班禅合葬灵塔、东陵札什南捷的落成开光典礼。1月10日，班禅到大昭寺朝拜大昭寺朝拜释迦牟尼佛像，诵经祈祷。1月11日上午，中共中央委员西藏自治区党委书记热地，把60年代从班禅家没收的档案材料，包括“七万言书”手稿和照片、梦兆录、卦辞等退还给班禅本人。大师面对“七万言书”手稿感慨万千，向在座的人说：“你们看，这意见书，全是我亲手书写，亲自修改的，为了它，我花了不少心血。批判时，说是这个人写的，那个人写的，冤枉了不少人。”1月13日，抵达札什伦布寺。1月22日，举行合葬灵塔的开光典礼，班禅发表了激动人心的长篇讲话。1月23日，班禅邀请参加开光典礼的地专级以上干部举行座谈会，征求他们对藏区工作的意见。25日与有关同志商讨工作。26日给信教群众摩顶祝福。27日听取灵塔建设办公室同志汇报工作，研究表彰奖励建塔有功人员；晚上宴请日喀则地区县以上干部，直至28日凌晨1时多才上床休息；躺在床上，还看了半个多小时的报纸。1月28日4时许，班禅大师感到身体不适，胸部疼痛，医务人员给服了药，躺下小睡了一会儿；8时半醒来，大师说“好多了”，神志清醒，医务人员给做心电图；8时35分，大师“噢”地大叫一声，随即昏了过去。后经中央立即派来的医疗专家小组和地方医务人员多方抢救，均无效，一颗伟大的心脏终于停止了跳动，终年51岁。